Ben conseguiu desativar o Omnitrix e o tirar do seu braço. Cinco anos se passaram sem que ele o utilizasse novamente. Agora, com 15 anos, ele guarda seu Omnitrix dentro de uma caixa de sapatos e leva uma vida normal, é jogador no time de futebol da escola; e visita seu avô Max ocasionalmente. Diferentemente do Ben criança, ele sabe da importância de trabalhar em grupo e não é mais tão teimoso.
 Quando, um certo dia, seu avô desaparece. Ben recebe um estranho holograma de seu avô e descobre que ele foi sequestrado por um alienigena. Chegou a hora então de voltar a usar o Omnitrix para salvá-lo. Bastante nervoso pelo que pode acontecer, Ben conta com a ajuda de sua prima Gwen, e também de seu antigo inimigo, Kevin.
Gwen Tennyson, que luta artes marciais, passa a ter mais ações de combate que na série original. Gwen também passa a ter super poderes. Muito mais madura, Gwen não implica mais com seu primo, pelo contrário, tem atitudes de irmã mais velha (apesar de serem da mesma idade), sempre o apoiando e confortando. Sua família (a mãe e irmão da Gwen) também aparecem nessa nova série.
Kevin, o menino que Ben conhecera na série original e acabou se tornando um de seus principais inimigos, agora tornou-se um aliado, mesmo que muitas vezes meio a contragosto, pois está sempre discutindo com Ben. Agora com 16 anos, seus poderes de absorção ficaram muito mais poderosos.  Kevin tem uma 'quedinha' pela Gwen.
A série teve sua estréia nos
EUA em Abril de 2008 no Cartoon Network. No Brasil, estréia
em Junho de 2009, o chamado "Super Mês do Ben
10" pelo Cartoon Network.
Apesar de manter o mesmo bom humor de sempre, a série que agora não mais lida com garotinhos, possui alguns tramas com toques mais dramáticos, de romance e alguns conflitos pessoais..
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